A Szent János Lovagrend – mely a ma létező lovagrendek legrégebbike – gyökerei egy Jeruzsálemben, Amalfi kereskedők által alapított kórházig nyúlnak vissza. A kórház a Szent Földre tartó keresztényeket segítette. Az első keresztes hadjáratban résztvevő néhány lovag – megérkezve 1099 júliusában Jeruzsálembe – csatlakozott az ott folyó munkához. Az ott létrejövő kórházas lovag szervezetet 1113-ban II. Pascal pápa ismerte el önálló rendként. Napjainkban valamennyi Szent János rend, beleértve a Jeruzsálemi Szent János Szuverén Rend, Kórházas Lovagokat is, ettől az elismeréstől származtatják magukat, megtartva szimbólumként az Amalfi keresztet, mely alatt a szolgáló testvérek dolgoztak Jeruzsálemben. A Szuverén Rend hamarosan egy katonai, lovagi renddé vált, mely tevékenységében folytatta a kórházas, jószolgálati hagyományokat, de egyben a Szent Földön a keresztény államok egyik elvi védelmezőjévé is vált. Miután a XIII. század végén a Jeruzsálemi Keresztény Királyság összeomlott, a Szent János Szuverén Rend Ciprusra települt át, majd 200 évig Rodosz szigetén és végül Máltán tevékenykedett, ahol egészen a XVIII. század végéig maradt. 1798-ban, Napóleon nyomására a Szuverén Rend különböző csoportjai Oroszországba települtek át, majd a XIX. és a XX. század folyamán a Balkánra, Észak-Európába, Olaszországba, Amerikába és Ausztráliába távoztak. A mi Szent János Szuverén Rendünk az orosz priorságokból ágazott el, melyet I. Pál cár alapított a Rend Máltából való elűzése után.

Rendünk hagyományai a kórházakhoz kötődnek. Amikor a keresztes lovagok 1099-ben megérkeztek Jeruzsálembe, létrehoztak egy olyan menhelyet, ahol beteg és szükséget szenvedő, a Szent Földre érkező embereket, zarándokokat ápoltak, keresztényeket és iszlám vallásúakat egyaránt.

A jeruzsálemi kórházat Amalfi kereskedők alapították és támogatták. Szimbólumuk, a nyolcágú Amalfi kereszt, az a kereszt, amit mi oly büszkén viselünk ma. 1113-ban a kórházas testvéreket lovagi rendként ismerték el, és 1126-tól katonai szerephez is jutottak. 200 év keresztes háborúi után a lovagok Cipruson telepedtek le.

A Cipruson töltött rövid idő után a lovagok Rodoszra mentek, itteni tartózkodásuk 213 évig tartott. Újra létrehozták kórházukat, ahol magas szintű orvosi ellátást nyújtottak. Az iszlám birodalom terjeszkedése miatt 1521-ben megtámadták őket Nagy Szulejmán óriási túlerőben lévő csapatai. Noha a lovagok csatát vesztettek, lehetővé tették számukra, hogy elhagyják Rodoszt, és magukkal vigyék szent relikviáikat. Szulejmán ezzel mutatta ki elismerését az óriási túlerő ellen bátran harcoló lovagok iránt.

Rövid ideig a lovagoknak nem volt otthonuk, de 1530 márciusában V. Károly, ugyancsak a lovagok Rodosz védelmében kifejtett kiemelkedő erőfeszítései elismeréseként, aláírta a „Málta adományozásának Dokumentumát”, a lovagoknak adva Máltát és néhány környező szigetet.
Cserében egyetlen, évente egyszer teljesítendő anyagi kötelezettséget kellett vállalniuk: Mindszentekkor egyetlen sólymot kellett adniuk Szicíliai Viceroy Károlynak. Ez az éves fizetség vált a máltai sólyom legendájának alapjává.

Ahogyan ezt Rodoszon is tették, a lovagok Máltán is felépítettek egy kórházat. Megerősítették a sziget védelmét és a hadi tengerészetüket. Gazdagságuk egyre nagyobb mértékben nőtt, és a Rend az egész keresztény világban hatalmas vagyonra tett szert. Kiterjedt banki ismereteik és tudásuk az egész világon ismertté vált.

Azonban Máltán is szembe kellett nézniük az iszlám haderő, közel 40 ezer fő támadásával. A lovagok, mintegy 650, erős, bátor ember, szembe szállt velük, s noha jelentős veszteséget szenvedtek, gyakorlatilag kiszorították az ellenséget. Ez a csata, amely a történelemben „A nagy máltai győzelem” elnevezést kapta, egy időre meghiúsította az iszlám nyugati világban történő további előre nyomulását.

A lovagok Máltán maradtak egészen addig, amíg Napóleon szemet nem vetett a szigetre és a Rend vagyonára 1798-ban.

Röviddel Napóleon támadása előtt I. Pál cár, Oroszország uralkodója, a rendet védőszárnyai alá vette. Ezért aztán amikor a Rend Málta elhagyására kényszerült, a lovagok nagy többsége Szent Pétervárra ment. Pál cár a korábbi Lengyel Perjelséget kibővítette, hogy a római katolikus lovagok csatlakozhassanak. Ugyancsak létrehozott egy ökumenikus perjelséget más keresztény lovagok, az orosz csatlakozók és a nemesség tagjai számára is.

Rendünk folyamatos hagyományai visszanyúlnak azokhoz a kórházasokhoz, akik az első kórházat létrehozták Jeruzsálemben, mert Pál cár is – a Renddel kapcsolatos tevékenységét – az ő alapvető tanaik, a szegények és elesettek megsegítésének szellemében folytatta.

1917-ben, a bolsevik forradalom kitörése után a lovagok közül nagyon sokan száműzetésbe mentek Európába és Amerikába.

Sándor király, Szerbia királya, a Karagyorgyevics ház tagjaként a legközelebbi rokonságban állt az ortodox cári családdal. Az oroszországi forradalom kitörésekor ezért a Rend szent relikviái a szerb királyi családhoz kerültek megőrzésre.

1962-ben II. Péter királyt, a Karagyorgyevics ház fejét, aki londoni száműzetésben élt, a Rend fővédnökének ismerték el.

II. Péter király 1964-ben adta Rendünknek a jelenleg is érvényben lévő Charta-t és alkotmányt. Ezek a dokumentumok tartalmazzák azokat az irányelveket, melyeket a nálunk kevésbé szerencsés emberek megsegítésekor követünk, s melyek összhangban vannak Rendünk évszázadokra visszanyúló hagyományaival.

Követve az Egyesült Nemzetek Emberi Jogokról szóló Egyetemes Deklarációját, lehetővé tettük, hogy Rendünkben a hölgyek is egyenrangú szerepet játszhassanak a lovagok mellett. A Szuverén Tanács 1998-as, Angliában hozott döntése értelmében a dámák is betölthetnek bármilyen funkciót a Rendben. Rendünk az alkotmányában a keresztény lovagok és dámák ökumenikus és nemzetközi közösségeként definiálja magát.

A Rendnek több évszázados hagyományai vannak Magyarországon is.
Az első rendtagok megjelenése Magyarországon II. Géza (1141-1147) uralkodására tehető, amikor első preceptoriumuk alapjait a Szentföldre vezető zarándokút mentén Székesfehérváron tették le. A rend ettől kezdve kevés magánadományból, és a mindenkori uralkodók hathatós támogatásából építkezett. A birtokaik jövedelmét a szegények támogatására ajánlották fel. Ilyen birtokok voltak Székesfehérvár, Csurgó, Újudvar, Aracs, Bonyhádvarasd, Gyánt, melyek a később önállóvá váló preceptoriumok alapjai voltak. II. András johannitákba vetett bizalma abban is tükröződik, hogy 1222-ben az Aranybulla egyik példányának őrzésével bízta meg a rend hazai képviselőit. Nagy Lajos király uralkodása alatt 1366-tól provanszi származású, a csurgói és udvarhelyi preceptor állt a magyar-szlavón perjelség élén. Az 1300-as évektől a középkor közepéig a magyarországi johannita preceptoriumok vezetői, perjelei és a főbb méltóságok képviselői vegyesen itáliai, francia, de egyre inkább magyar tisztségviselők voltak. A perjelségekben folyamatosan végbemenő változások eredményeként a fehérvári konvent kisebb rangú tagjai már a XIV. század közepén magyarok voltak, s a század végére a rendház teljes személyzete helybéliekből tevődött ki.

Mivel a középkori johannita ispotályainkról igen kevés forrás áll rendelkezésünkre, ezért csak a rend szentföldi és európai tevékenysége, valamint más magyarországi ispotályok alapján próbálhatjuk meg felvázolni jellemzőiket. Hazai középkori ispotályaink nagysága általában nem haladta meg a 10-12 ágyat, főként vizek mellé települtek, néhány esetben konkrét adatunk is van fürdő meglétéről – ezek jellemezhették a magyarországi johannita ispotályokat is. Az európai zarándokutak mentén épült hospitale-k egyszerű szálláshelyek lehettek. Lehetőségeik szerint azonban bizonyára gondozták a zarándokokat és a környék rászorulóit is, nemcsak a rend tagjait. A johannita ispotályok gyógyító-ápoló színvonala talán magasabb volt a többi korabeli kolostori infirmáriuménál, mivel a rend tagjai kiképzésük során bizonyos fokú orvosi, ápolói oktatásban is részesültek.

Magyarországon a legjelentősebb ispotályok Székesfehérváron, Esztergomban, Győrött, Sopronban, a középkorban is nagy jelentőséggel bíró magyar városokban működtek.